はい。ネイキッドドメインにつきましてもCDNextのホストに設定することは可能です。
ですが、通常の DNS では CNAME ネイキッドドメインをCNAMEすることはできませんので、そちらに対応するDNSサービスをご利用いただく必要がございます。
■参考サービス（実際の利用可否につきましては各サービスにてご確認ください）
- CloudFlare
- 無料CDNとして有名な会社ですが、無料DNSサービスとして(CloudFlare CDNとは関係なしに)使用できます。
- Gehirn DNS
- 有料ですが安価なサービスです。
- Route53
- AWSのインスタンスのみに使用できます。